Mafia III foi alvo de alguma controvérsia por ter abordado o racismo de forma muito frontal, mostrando bem a perseguição dos afro-americanos naquela era. Isto terá chocado algumas pessoas e instituições, mas aparentemente, podia ser sido ainda pior.
Andrew Wilson, Produtor Executivo do jogo, revelou que a sequência original que arrancava o jogo era extremamente violenta, de tal forma, que nunca chegou a entrar no jogo. Aparentemente a sequência mostrava os eventos que levaram Lincoln a ir para o Vietname, uma emboscada da máfia que obrigava Lincoln a ser extremamente violento.
O estúdio optou por não incluir a sequência, e aparentemente tocava em algumas situações tão sensíveis, ao nível do racismo, que o estúdio decidiu inclusivamente apagar a sequência dos seus servidores. "Já não existe em lado nenhum," garantiu Andrew Wilson.