Marvel Ultimate Alliance 3 tem um bom leque de personagens de raiz, mas são sobretudo focadas no universo cinemático da Marvel, nomeadamente os Vingadores, os Guardiões da Galáxia, e mais algumas personagens soltas. O universo da Marvel, contudo, é muito maior que isso, e as expansões de Marvel Ultimate Alliance 3 pretendem principalmente reforçar esse leque de personagens.
Estão previstas três expansões - Marvel Knights, X-Men, e Fantastic Four -, todas incluídas no passe de expansões que custa € 19.99 (não podem ser adquiridas avulso). A primeira dessas expansões será Marvel Knights, que chega a 30 de setembro com Blade, Punisher, Morbius, e Moon Knight, e ainda inclui um novo modo cooperativo, Gauntlet Mode, para quatro jogadores.