Em março, quando a primeira série estava prestes a ir ao ar, o criador de X-Men '97, Beau DeMayo, foi demitido. Na época, não havia explicação para a demissão, mas considerando o quão repentino parecia, muitos acreditavam que algo estava sendo escondido.
De acordo com uma investigação do The Hollywood Reporter, a demissão de DeMayo resultou de uma investigação interna da Marvel, que descobriu "descobertas flagrantes". Fontes próximas ao The Hollywood Reporter afirmam que foi má conduta sexual que fez com que DeMayo fosse demitido.
Não há nada oficial provando isso ainda, e parece que a Marvel e DeMayo podem ter chegado a um acordo após sua saída. Seu crédito foi removido da segunda temporada, mas ele ainda está ocasionalmente twittando sobre o show.