Pro Evolution Soccer 2016 foi lançado com plantéis extremamente desatualizados, em relação ao mercado de transferências do Verão, um problema que à partida ficaria solucionado com o lançamento da nova atualização. E ficou... parcialmente. A esmagadora maioria das transferências estão finalmente em vigor, mas todas as que ocorreram a 31 de agosto e 1 de setembro parecem não estar incluídas.
Isto afeta algumas mudanças importantes, como a transferência de Anthony Martial para o Manchester United, por exemplo. Depois de protestos dos jogadores, a Konami reagiu à situação através da sua conta de Twitter, referindo que já estão a trabalhar numa solução para a atualização incompleta dos plantéis.